繼續經濟改革

撒切爾夫人為了增加政府財政收入，用人頭稅（Community Charger）取代了地方政府的稅收，它的稅率是統一的，每個人交納的數量都一樣。她還用另外一種人頭稅取代了住宅物業稅（residential property tax），其稅率由地方政府制定。她于1989年在蘇格蘭進行了試點，然后在1990年推廣到了英格蘭和威爾士。

英國公眾對撒切爾夫人的稅收體制非常不滿，認為這是她擔任首相期間最不得人心的政策之一。撒切爾政府沒有預計到地方政府將會從稅收新政中得到更大的份額。這樣讓中央政府制定的上限稅率失去了作用。這導致了黨派之間的分化和派系斗爭。撒切爾夫人一直拒絕對稅收政策作出妥協，這導致她的支持率從989年開始下滑。人民對稅政的不滿與日俱增，最終于1990年3月31日在倫敦的特拉法加廣場發生了嚴重的騷亂，示威人群超過了10萬名，400多人被捕。

BBC電臺在1989年進行了調查，表明四分之三的民眾反對水力私有化。盡管公眾都反對人頭稅和水力、電力和鐵路私有化，但是撒切爾夫人還是堅信隨著改革的實施，人們會逐漸從反對走向支持。《星期日泰晤士報》于1988年6月進行了一次民調，60%的民眾認為撒切爾政府的政策能從長遠上改善英國的經濟，不同意的人少于30%。盡管收入不平等增加了，但是窮人的生活狀況要好比1979年。74%的人滿意當時的生活水平，不滿意的人只有18%。

歐洲政策

1988年，撒切爾夫人在比利時布魯日發表了一次演講，闡述了自己對歐盟的前身——歐共同體的反對。盡管撒切爾夫人支持英國在歐共體中占有一席之地，但是她認為該組織的作用只能是保證自由貿易和有效競爭。1988年，她評論道：“英國的邊界已經不可能回到從前，我們現在只看到了在歐洲層面進行的重新劃分，這就是歐洲超級大國在布魯塞爾策劃的事情。”英國政府和保守黨在歐洲政策上自此出現了分歧。

1988年11月30日，歐洲人權法庭認為英國的拘留制度違背了歐洲法律。這在英國國會引起了巨大的爭議，有人由此呼吁修改憲法。撒切爾夫人憤怒地作出了回應，她批評了歐洲人權法庭的裁決，還批評了比利時和愛爾蘭拒絕引渡帕特里克·瑞安（Patrick Ryan）神父回英國接受指控的行為。她告訴公眾：“我們應該謹慎地下判斷，還要好好思考受害人和潛在受害人的人權。”

在1989年6月歐共體峰會之前，財政大臣尼格爾·勞森（Nigel Lawson）和外務大臣杰弗里·豪（Geoffrey Howe）試圖說服撒切爾夫人加入匯率機制，為歐元做準備，并廢棄英鎊的貨幣地位。他們以辭職為要挾，但是撒切爾夫人和財政顧問艾倫·沃爾特斯（Alan Walters）堅決反對這項提議，認為英鎊應該能自由浮動，歐盟會員資格只會限制英國經濟。最終勞森和豪都辭去了職務，撒切爾夫人仍然堅定地反對歐洲貨幣體系。

1989年黨魁競選

1989年，撒切爾夫人在保守黨的黨魁地位受到另一位議員安東尼·麥爾男爵（Sir Anthony Meyer）的挑戰。374名保守黨黨員中有314位把票投給了撒切爾夫人，麥爾得到了33票。撒切爾夫人對這個很滿意，認為自己仍然受全黨和全國人民的支持。而麥爾也很高興，認為自己取得了好于預期的成績。