2006年，我國就啟動了土壤重金屬污染普查，并于2009年完成，但數據一直未公布。參與普查研究的中國科學院生態環境研究中心副研究員黃益宗指出，一些地方開采礦產時，重金屬污染到農田，使得農作物和經濟作物污染加重，特別是在西南、中部、中南某些省份表現明顯。“本次普查的一個表現是，土壤污染面積在擴大。而煙草污染只是其中的一個方面，部分地區稻谷、蔬菜也存在重金屬污染的情況?！?/p>
浙江大學醫學院控煙研究中心主任楊廷忠教授告訴《中國經濟周刊》，一些煙草種植區離污染型工廠比較近，不僅“有毒土壤”對煙草造成了致命危害，污水和城市廢棄物也使煙草生長雪上加霜，形成了“二次中毒”。尤其是其中的重金屬物質，它們主要存在于40厘米以上的土層中，既不易轉移也不易被微生物分解，植物吸收是必然結果。
另有研究表明，煙葉中的鎘、鎳、鉛等重金屬元素的含量和土壤的PH值成負相關性，土壤越酸，重金屬的含量就越多。目前我國大量燃燒含硫煤，酸雨越來越多，土壤也自然受到影響。
根據這一理論，云南煙草怕是成了“出頭鳥”。素有“有色金屬王國”之稱的云南還身兼“煙草大戶”的身份，同時，云南的酸雨也一樣全國聞名。
紅云紅河集團技術中心人士在接受《中國經濟周刊》采訪時言辭謹慎，先是表明云南礦產資源豐富，土壤中含有較多的重金屬物質是在所難免；然后再三強調，重金屬物質的來源絕非土壤一種，如果煙農不使用煙草企業專門提供的煙葉肥，或者使用違規農藥都有可能導致有害物殘留。而且，他們早已關注煙草中重金屬含量與產區土壤等環境因素的關系，并聯合研究機構做了檢測和數據收集工作，最后根據調查選擇了污染相對較少的地區作為煙草產區。
全國最大的煙葉產區云南省曲靖市煙草專賣局生產管理部部長毛建書也證實說，現在很多煙草企業都選擇50公里以內沒有工業企業、森林覆蓋率較高的地區作為煙草種植區，農藥使用上也采取煙草公司的統一指導，確保原材料是“無公害煙葉”。但與此同時，他也坦承，“無公害煙葉”尚未大面積推廣。
也有專家懷疑煙草加工環節難逃其咎。比如，煙草在烘烤過程中會因為使用煤炭、木材等含有重金屬成分的輔料導致煙焦油、一氧化碳、芳香烴和重金屬等有害物質的產生。另外，人為添加香精香料也有可能產生有毒成分。
