靠論文數量搏“上位”？
專家稱絕對數有失公允
在此次發布的排名中，記者注意到，入圍世界500強的中國內地高校中，只有清華大學因楊振寧曾獲諾貝爾物理學獎而在第一個指標中有得分，其他內地高校均為0分。在“被引用次數最高的科學家數”指標中，只有復旦大學、上海交通大學、中國科學技術大學和北京航空航天大學因各有一人入圍而有得分。
中國內地高校普遍得分在發表論文數量較多，尤其是被科學引文索引（SCIE）和社會科學引文索引（SSCI）收錄的論文數較多。清華大學、復旦大學、北京大學、上海交通大學、浙江大學在該指標中得分都超過50分，甚至超過排名前十的加州理工學院和普林斯頓大學。不過，在更強調原創性的《自然》和《科學》雜志上發表的論文折合數指標中，中國內地高校的分數并不高，得分最高的清華大學也只有14.3分。
對此，有人認為，中國高校在“排名”評價體系中靠“論文”搏上位，而論文的原創性又不高。
閻鳳橋認為，按照論文被引用數量的“絕對數”來統計有失公允。“對規模比較大、實力較強的教學機構明顯有利，而對較小規模科研機構的評價不利。有可能導致學術機構走粗放型的發展路線，在規模上做文章。”
學術權重與教學權重失衡？
專家認為教書育人應為本
有人認為，近年來中國大學“重研究”風盛，讓教師無心教學，學生疏于學習，耽誤了教學。此次排名的衡量指標中，確實只有科研方面的指標，沒有考慮教學。
閻鳳橋認為，大學應兼具教學和科研兩個功能，不可偏廢其一，教書育人更是學校存在的根本。由于教學評價要比研究評價困難，所以在有些評價系統中就對教學內容予以忽略。“排名”中兩者權重的失衡，對于大學的發展導向會產生一些不好的影響。