不久，孫楊就與恩師朱志根發生沖突。1月31日，在朱志根批評孫楊的時候，孫楊竟然回敬了一句：“你的訓練太落后，我不跟你練了。”朱志根在給記者的短信中這樣稱，“我確實很累，孫楊已經沒有心思訓練了，可能我的要求太嚴？”

　　對于孫楊談戀愛，朱教練表達了自己的看法：“我就想說，年紀輕輕就談戀愛，怎么能訓練好？”

　　過去的40多天里，孫楊頻繁參加各種商業活動，雖然他始終堅持抽空練習，但從專業角度看，他的自我訓練只是維持最基本的水感。作為一名奧運冠軍，這樣的訓練強度遠遠達不到系統訓練的效果，也就無法讓孫楊保持高水平的運動狀態。冬訓對于運動員來說至關重要，冬訓不到位很可能會影響到全年表現，甚至導致下一年度的“崩盤”。

　　浙江體育職業技術學院表示，處罰孫楊，主要是其違反了隊內紀律，但是否因為與恩師鬧翻，校方并沒有進行更多回應。院長李建設明確表示：“我們學院只有優秀運動員，沒有特殊運動員。”

　　院方公布對孫楊的處罰結果包括：一份深刻的檢查，并視檢查做出進一步處理意見；對孫楊通報批評，扣發一個月的訓練津貼；暫停孫楊的一切社會商業活動，包括個人代言。針對第三條，孫楊一度拒絕，不過權衡商業價值和運動成績的關系后，他最終接受。

　　孫楊被暫停參與社會商業活動后，意味著他后續的商業推廣談判全部無限期暫停，這無疑將大大影響孫楊的收入，因此最具殺傷力。

　　相比于戀愛，過多的商業活動確實對孫楊的影響更大。至于何時恢復孫楊的商業代言活動，學院黨委書記劉軍表示：“一要看孫楊的訓練情況，另外要看和教練的關系有沒有緩和。如果他可以重新在泳池里證明自己，隨時可以恢復。”

　　師徒情同父子為何交惡？

　　朱志根教練10年來對孫楊傾注了全部心血和力氣，為了將弟子推上最高領獎臺，他曾經3次推遲做手術的時間。

　　過去的這些年，師徒二人齊心協力，當然不可避免也會有小分歧、小爭議，但仍在中國體育界被看作師徒典范并傳為佳話。孫楊曾在奧運表彰大會上落淚說：“您（朱志根）一輩子都是我的教練。”令所有人為之動容。

　　但是，在去年9月舉行的天津大運會之后，孫楊就流露出想長期接受澳大利亞教練丹尼斯訓練的想法，盡管不太現實，但孫楊堅持認為與丹尼斯進行一對一的訓練對自己未來有好處。與此同時，孫楊因忙于出席各種商業活動，已經無法保證全身心地投入訓練，這讓一向以嚴格著稱的朱志根頗為不滿。朱志根和孫楊之間已現裂痕。

　　在游泳項目上，運動員獲得奧運冠軍后更換了把自己帶到冠軍領獎臺的教練，幾乎沒有成功案例。因為游泳項目對運動員的技術、體能和各種生理生化指標的要求非常高，只有高水平的“原配”教練才最了解弟子情況，訓練才最具有針對性。假設孫楊離開朱志根，前途難料。