二、兩岸產業合作的障礙與問題
盡管如此，兩年多來兩岸產業界也已經舉行了多次直接面對面的接洽會，簽署了眾多意向書，但實際建立合作關系的實例卻寥寥無幾。這主要是因為兩岸產業間仍然存在一些障礙與問題，使得大好的前景難以成為付諸實踐的行動。這些障礙與問題主要有以下幾點：
一是兩岸在產業合作中仍未找準各自的定位。產業合作從形式上看主要分為水平式與垂直式兩大類，前者相對平等，后者則是上下游關系。由于臺灣產業發展戰略曾經在民進黨掌權的八年時間中陷入了左右搖擺的境地，臺灣產業錯失了最好的成長時機，而這八年正是大陸經濟高速發展的時期。目前兩岸產業發展水平的差距已經明顯縮小，臺灣產業的領先優勢已經趨于模糊化，兩岸的多數產業實際上已經處于相同的發展水平上，即使是臺灣仍占有優勢的少數產業，領先的程度也已很小。而且可以說，除少數零部件的生產優勢仍然保存在臺灣島內外，臺灣產業掌握優勢的部分也都嚴重依賴其大陸廠的生產能量，臺灣在兩岸產業合作中原本打算以垂直式為主的設想已經難以成立，這就使得臺灣產業界對與大陸產業建立合作關系的動力大為降低。
二是兩岸產業合作中關于技術外泄的疑慮仍未得到合理解決。目前兩岸雖已簽有知識產權保護協議，并獲得了兩岸有關部門的認真執行，但問題與手段仍存在很大的不足。雖然生產技術與管理經驗必然會隨著對外投資發生外溢效應，但這種效應具有相當的滯后性，可以保證技術領先企業有充足的獨享效益與鞏固成果期，但產業合作中的技術外泄則會比外溢效應快得多。臺灣企業普遍擔心在規模明顯不如大陸的情況下，由于缺乏西方企業背后強大的公權力支撐，如果因技術外泄而喪失技術領先優勢，則相關產業合作就會培養出眾多的競爭者，反而斷送自身的發展前途。
三是本應作為兩岸產業合作連接者的大陸臺商目前也正處于投資轉型的抉擇期，對推動兩岸產業合作的需求減弱。面對大陸經營條件的變化，大陸臺商出現了三種發展傾向：成功的臺商返臺投資或籌資，或以大陸為市場自建橫跨兩岸的產業鏈；或利用大陸中西部優惠政策延長產業鏈，繼續其原有的運轉模式；中小臺商則積極向東南亞等地轉移，以避開西方國家對大陸部分產品設置的貿易壁壘。相對而言，產業升級反而是其次與較長遠的選擇，加上產業合作中存在的諸多不確定性更降低了臺商對促成兩岸產業合作的積極性。
阻礙兩岸產業合作的最大也是最根本的問題還是其發展前景仍不夠明朗，兩岸產業合作還缺少典型的成功案例說服并影響更多的企業跟進，目前兩岸不僅是企業界在摸索，連官方也在探索有效的扶持方式。在西方發達國家與跨國公司仍占據巨大的產業技術領先優勢的情況下，兩岸通過產業合作，無論是自創品牌、建立產業標準、還是開發技術，都很難擺脫既有的專利保護網的束縛，究竟能取得多大的經濟效益都在未定之天，而且還要時刻面對跨國公司如影隨形的侵權起訴。
