“我是不愿意工作的。1998年回國，開始給國內一些媒體寫文章。我的第一本關于進化論的書，也是香港的出版社出的，我就想靠寫作也能養活自己。”
早在中學時代，方舟子就有兩樣愛好：文學和生物學。舞文弄墨之余，就出去采集各種各樣的標本。及至決定賣文為生，就趁便把科普和寫作結合起來，一方面寫點生物學類的科普小品，與此同時發現本專業范疇里的學術不端現象，就附帶曝曝光、打打假。他找到了自己的位置，沒有像那些埋首書齋、介于半隱狀態的文人雅士那樣，對于社會的殘酷一面事不關己高高掛起。
“我一直認為，一個人有時候要參與社會事務，不要說當一個隱士，雖然你可以過自己喜歡的生活，但你對社會還是要有些責任心。”
今天的方舟子，靠著稿酬度日。人皆不堪其憂，他卻不改其樂。以致一年當中偶爾幾次圈內朋友聚會，到最后也是別人悄悄把單給埋了，自己根本沒有掏錢機會。也許是這種情形多了，他就干脆不再請人吃飯。
“他的書很多也是送人的，科學的書，是老百姓不可讀的，閱讀圈子不大，不可能暢銷。”袁鐘說，“日子肯定過得不好。”
方舟子把從事科普寫作和基于生物學范疇展開的學術打假視為一個整體，旨在普及科學理性和科學方法。早年在大學時代，他就對中國社會的科學素養有所觀察。彼時整個社會，對于氣功和特異功能的追捧有點走火入魔。大約是在1987年，全國第二屆特異功能大會在中國科技大學召開，方舟子臨場觀摩了兩個最終失敗的表演，從此不再輕信這些玄而又玄的超科學現象。
在美國的10多年留學生活，對方舟子產生潛移默化的影響。他接受了一套嚴謹規范的科學訓練，知道了科學研究是怎么回事兒，也知道了與國外相比，國內在這方面的差距。每周，他們會有一次論文介紹，從任意一本雜志中挑出一篇文章講解，之后大家進行推敲，討論實驗證據能否成立。此外，每周他們還有一個實驗報告，擺出證據以供深究，對于實驗邏輯窮追不舍。
“探索、懷疑、實證、理性，這四個方面跟科學是不可分割的。不要輕信，要講證據，你為了這個可以無所顧忌。”
方舟子把這樣一套科學方法帶了回來，希望對中國的科學理性化進程有所裨益。但在一個工于粉飾和偽裝的社會里，雖然人們都認同科學的重要性，撒謊也難免成其為風氣，迷信或偽科學的東西泛濫。心術不正的人，輕而易舉就可以登堂入室，招搖過市。
“這個社會就是騙子的樂園，造假成本很低。”彭劍說，“越是能忽悠，越是能煽呼的人，反而是混得最好的一批人。”
路遇不平，即刻就要拔刀相迎。方舟子從此走上了一條快意恩仇的路，然而隨后就陷入了一場抽刀斷水水更流的糾纏和反復。
